События сериала открывают завесу над происходящим в военное время в 1942 году. Вариант Омега начинается тем, как Сергей Скорин — советский разведчик пересекает линию фронта и получает ранение в ногу. Затем мы переносимся в Таллин, здесь центральное событие — приезд майора немецкой разведки барона Георга фон Шлоссера. Он рьяный патриот своей родины, но в тоже время не поддерживает идеи ни нацистов, ни коммунистов. В Таллине он получает очень важную миссию — организовать поставку дезинформации командованию Красной армии. Для этого ему необходимо разыскать советского разведчика.
Пока он занимался поисками, контрразведка СССР заметила, что твориться что-то неладное, но до конца разобраться в ситуации они не смогли. Скорин направлен в Таллин под псевдонимом Пауль Кригер. Путем случайных встреч и специфических оговорок при разговоре Скорин показывает Шлоссеру, что он и есть человек, которого тот ищет. Георг, не откладывая дело в долгий ящик, приглашает Сергея к себе и предлагает сотрудничество, на которое последний соглашается. Во только Шлоссер не подозревает, что его новый напарник ведет двойную игру.
Создателем этой картины стала сама история, ведь Вариант Омега — это экранизация событий, происходивших в действительности. Отснял сериал режиссёр Антонис Воязос, известный также по фильмам Юрка — бесштанная команда и Жизнь хорошая штука, брат. Советского разведчика сыграл Олег Даль, которого можно увидеть в кинокартинах Тень и В четверг и больше никогда. Его противника — Шлоссера воплотил Игорь Васильев, известный по фильмам Возвращение с орбиты и Бравые парни.
